در مرحله کیستی حاوی واکوئل گلیکوژن است. در کیست این انگل یک هسته و در یک طرف واکوئل گلیکوژن دیده میشود، در صورتیکه در کیست آمیب کولی این واکوئل در صورت موجود بودن اطراف هسته را احاطه کرده است. تروفوزوئیتها ۴ تا ۲۰ و به طور متوسط ۹ تا ۱۴ میکرون و کیستها در اندازه ۶ تا ۱۶ و به طور متوسط ۹ تا ۱۰ میکرون قطر دارند.