برای اینکه امکان مشاهده اووسیست سایکلوسپورا در نمونه مدفوع بیشتر باشد، ابتدا باید نمونه مدفوع به وسیلهی تکنیک فرمالین-اتیل استات تغلیظ شود (۱۰ دقیقه با ۵۰۰g سانتریفوژ شود) و سپس یک لام مرطوب تهیه شده و یا یک اسلاید (رنگ آمیزی) از رسوب آن مورد مشاهده میکروسکوپی قرار گیرد. اووسیستهای سیکلوسپورا به قطر ۱۰-۸ میکرون هستند در حالی که اووسیست کریپتوسپوریدیوم پارووم ۶-۴ میکرون قطر دارند.
استفاده از میکروسکوپ فلورسانس (با طول موج اشعه ماوراء بنفش nmء۳۳۰-۳۶۵ یا nmء۴۹۰-۴۵۰) یک تکنیک حساس برای آزمایش سریع رسوب های مدفوع جهت مشاهده اووسیستهای سیکلوسپورا است. این اووسیستها خاصیت فلورسانس دارند (autofluoresce). اووسیستهای کریپتوسپوریدیوم فاقد این خاصیت هستند.