روش‌های تعیین توالی اسید نوکلئیک

جذب ترکیبی تکنیکی است که هدف آن غنی‌سازی نمونه DNA برای توالی‌هایی است که فقط مناطق خاصی را پوشش می‌دهند. برای مثال، ممکن است کسی بخواهد تمام ژن‌های موجود در ژنوم انسان را که تقریباً 30000 مورد از آن‌ها وجود دارد، توالی‌بندی کند.  توالی‌هایی که برای هر ژن کد...

آمپلیکون بخشی از DNA یا RNA است که منبع و یا محصول رویدادهای تقویت  (تکثیر) است. توالی‌یابی آمپلیکون، مشابه جذب هیبریدی است (که قبلاً ذکر شد)، از این نظر که هدف آن غنی‌سازی نمونه DNA برای مناطق خاص مورد نظر است. در جایی که جذب ترکیبی در غنی‌سازی توالی‌یابی بسیاری از مناطق...

این روش امروزه به نام «توالی‌یابی سنگر با الکتروفورز مویرگی» با دو جزء روش شناختی (متددولوژیک) شناخته می‌شود. در جزء اول، که در بالای شکل نشان داده شده است، قطعات DNA ورودی در یک ماتریکس حاوی DNA پلیمراز و نوکلئوتیدهای آزاد قرار می‌گیرند و اجازه داده می‌شوند تا با PC...

DNA نمونه به قطعات کوتاه، معمولاً از 300 تا 500 جفت باز تقسیم می‌شود. این قطعات به صورت توالی‌های بسیار کوتاه آماده می‌شوند و سپس روی یک لام شیشه‌ای به نام فلو‌سل (flow cell) قرار می‌گیرند. به کمک این روش می‌توان یک بستر از توالی‌های بسیار کوتاه در انبوهی از...

در این روش، DNA نمونه به قطعات کوچکتر، معمولاً از 250 تا 500 جفت باز شکسته می‌شود. هر یک از این قطعات به گونه‌ای اصلاح می‌شوند که توالی‌های نوکلئوتیدی کوچک و خاصی به نام «آداپتور» به انتهای آن‌ها اضافه می‌شوند. همانطور که در شکل نشان داده شده است، این قطعات...

در این روش، DNA نمونه به قطعاتی تقسیم می‌شود که اندازه آن‌ها می‌تواند از 250 جفت باز تا بیش از 20000 جفت باز متفاوت باشد. این قطعات DNA متفاوت از سایر روش‌های توالی‌یابی، با افزودن دو گیره DNA، یکی در هر انتهای قطعه تهیه می‌شوند. همانطور که در شکل نشان داده شده است. با...

در این روش، DNA نمونه قطعه قطعه می‌شود تا قطعات DNA بلند تولید شود. سپس این قطعات دو‌رشته‌ای در قالب «leader hairpin» آماده می‌شوند. به طوری که یک گیره نوکلئوتیدی در یک سر و یک دنباله خطی در سمت دیگر متصل ‌شود. همانطور که در شکل نشان داده شده است. هنگامی که قطعا...

در این روش سلول‌های منفرد به گونه‌ای جدا می‌شوند که RNA مربوطه آن‌ها می‌تواند توالی‌یابی شده و در سطح تک تک سلول‌ها مشخص شود. اولین نمونه‌های بافتی تحت تفکیک سلولی قرار می‌گیرند که منجر به سوسپانسیونی متشکل از سلول‌های منفرد می‌شود. سپس این تعلی...

این روش نمونه دیگری از رویکرد "خوانش طولانی مصنوعی" است، که در آن مولکول‌های طولانی DNA به طور مستقیم توالی‌بندی نمی‌شوند. بلکه به قطعات کوچک‌تر شکسته می‌شوند تا پس از پایان توالی‌یابی دوباره به قطعات بزرگ‌تر بازسازی شوند. در این روش، DNA نمونه قطعه قطعه می‌شو...

این بخش نحوه استفاده از توالی‌یابی نسل جدید را برای تشخیص انواع تک نوکلئوتیدی در یک نمونه بیمار توصیف می‌کند. به طور معمول، این نوع از تشخیص تنوع با استفاده از توالی خوانش کوتاه انجام می‌شود. در نمونه بیمار که از بیوپسی تومور به دست آمده است و حاوی یک جهش هتروزیگوت منفرد در ژن BRAF به...

در مقابل سایر روش‌های توالی‌یابی، توالی‌یابی دیجیتال تکنیکی است که هدف آن به حداکثر رساندن حساسیت است. این روش برای تکنیک‌هایی مانند "بیوپسی مایع" که در آن مقادیر کمی از DNA تومور در گردش را می‌توان از نمونه‌های معمول خون محیطی تشخیص داد، ضروری است. در این روش ابتدا DN...