هیبریداسیون مقایسه‌ای ژنومی (CGH) یک روش آزمایشی موثر برای تشخیص حذف یا تکرار عناصر ژنومی است.
تشخیص درج، تکثیر یا حذف عناصر DNA با استفاده از روش‌های توالی‌یابی DNA چالش برانگیز است، به خصوص زمانی که این روش‌ها شامل خواندن قطعات کوتاه باشد. CGH امکان شناسایی تغییرات بزرگ ژنومی مانند ناهنجاری‌‌ای کروموزومی نامتعادل را فراهم می‌کند.
در مقایسه با کاریوتایپینگ، این روش به کشت سلول‌ها نیازی ندارد و توانایی نسبتاً بیشتری برای کمی سازی مواد ژنتیکی با فراوانی کم یا زیاد را دارد.
برای انجام CGH، DNA نمونه و نمونه DNA عادی که به عنوان کنترل عمل می‌کند، به طور جداگانه دناتوره، قطعه قطعه شده و با استفاده از PCR اصلاح می‌شوند تا یک برچسب فلورسنت به هر قطعه DNA متصل شود. نمونه و DNA عادی دارای برچسب های فلورسنت متفاوتی هستند که رنگ‌های متفاوتی را ساطع می‌کنند. پس از آماده شدن، DNA نمونه و DNA شاهد در محلول با هم ترکیب می‌شوند و سپس برای واکنش با کروموزوم‌های متافاز طبیعی یا مجموعه‌ای از بخش‌های کروموزوم کوچک‌تر اضافه می‌شوند.
در شکل، آنچه نشان داده شده است یک ریزآرایه DNA است که در آن یک تراشه ریزآرایه ایجاد می‌شود. این تراشه شامل مجموعه وسیعی از مکان‌های کروموزومی است که توسط پروب‌های مختلف آن نشان داده شده است. این تراشه معمولاً "آرایه CGH" نامیده می‌شود. هنگامی که DNA نمونه و DNA کنترل اضافه می‌شوند، برای اتصال به مکان‌های مکمل خود در فرآیندی به نام "هیبریداسیون" رقابت می‌کنند.
در نهایت، نسبت رنگ‌های DNA نمونه و DNA کنترل در هر مکان کروموزومی یا هر مکان DNA اندازه‌گیری می‌شود.
نمایش بیش از حد یا کمتر از پروب DNA نمونه نرمال شده در برابر DNA کنترل طبیعی برای کمی سازی فراوانی نسبی DNA نمونه در یک مکان مشخص استفاده می‌شود.
