این شکل نشان می‌دهد که چگونه می‌توان از CGH برای شناسایی یک تغییر ژنومی در نمونه بیمار استفاده کرد. مثال نشان داده شده از یک بیمار با حذف جزئی کروموزوم است که حامل سندرم کری دو چت (Cri du Chat) با حذف جزئی بازوی کوتاه کروموزوم 5 است.
اصول آزمایش مستلزم قطعه قطعه کردن جداگانه DNA طبیعی و DNA بیمار (نمونه) و مقایسه نتایج با استفاده از هر مجموعه از قطعات است.
برچسب‌های فلورسنت رنگی جداگانه اضافه می‌شوند و این قطعات DNA برچسب‌گذاری شده برای اتصال به مجموعه‌ای از کروموزوم‌ها در یک متافاز با یکدیگر رقابت می‌کنند.
در شکل، DNA معمولی نشان‌دار شده با فلوروفور سبز و DNA نمونه نشان‌دار شده با فلوروفور قرمز تکه تکه شده‌اند، و هر کدام از این‌ها در یک متافاز به مجموعه کروموزوم‌ها اضافه می‌شوند.
اگر DNA طبیعی و نمونه هر دو حاوی مقادیر مساوی از یک ناحیه کروموزومی خاص باشند، قطعات آن‌ها به مقدار مساوی به آن بخش مربوط به کروموزوم‌های متافاز متصل می‌شوند.
ترکیب این دو فلوروفور باعث ایجاد رنگ زرد می‌شود.
برعکس، اگر DNA نمونه یک ناحیه کروموزومی نداشته باشد، مانند حذف در بازوی کوتاه کروموزوم 5، آنگاه تنها DNA طبیعی به آن ناحیه کروموزومی متصل می‌شود و در نتیجه آن ناحیه سبز به نظر می‌رسد.
برای وضوح بالاتر، تعادل فلورسانس از قرمز به زرد تا سبز را می‌توان با استفاده از آشکارساز فلورسانس اندازه‌گیری کرد و کروموزوم‌های متافاز کامل را می‌توان با آرایه‌هایی از بخش‌های کروموزومی خاص که روی یک صفحه پخش شده است جایگزین کرد.
این روش که معمولاً به آن آرایه CGH گفته می‌شود، در شکل قبل نشان داده شده است.
