اصول و روش‌های نشان دادن قارچ‌ها در نمونه‌های کلینیکی – آزمایش مستقیم و کشت (بخش سوم)

ترجمه و تنظیم: دکتر محمد قهری

6-3- اقدام اصلاحی

هنگامی‌که نتیجه‌ی کنترل کیفی غیرقابل قبول باشد تست باید تکرار شود. اگر نتیجه‌ی تست بعد از تکرار آن غیرقابل قبول باقی بماند علت نتایج غیرقابل قبول را با استفاده از ارگانیسم کنترل کیفی تازه و یا با استفاده از معرف جدید به‌طور سیستماتیک بررسی کنید. نمونه‌های بیمار تا زمانی‌که مشکل کنترل کیفی حل نشده باشد نباید تست شده یا گزارش شوند.

7- جمع‌آوری و انتقال نمونه

جمع‌آوری و انتقال مناسب نمونه به تشخیص مطلوب عفونت‌های قارچی برای کلینیسین کمک می‌کند. نمونه‌هایی که به‌صورت نامناسب جمع‌آوری شده یا انتقال آن‌ها بطور صحیح صورت نگرفته باشند ممکن است به یک تصویر ناقص یا توام با خطا در فرآیند بیماری بیانجامند و در نتیجه موجب یک تفسیر اشتباه در نتایج کشت گردد. جمع‌آوری نمونه برای کشت قارچ شبیه به کشت‌های باکتریال است بجز اینکه معمولا حجم بیشتری از نمونه لازم است. تغلیظ مایعات و استفاده از رسوب برای کشت امکان و احتمال آشکار کردن و نشان دادن پاتوژن را افزایش می دهد. در مورد بیماری سیستمیک یا تهاجمی برای اکثر نواحی آناتومیک بدن جمع‌آوری نمونه‌ی عمقی بعوض جمع‌آوری نمونه‌های سطحی ترجیح داده می‌شود. عناصر قارچی اغلب با بافت احاطه کننده‌اش تلفیق می‌شود، به این دلیل بافت همیشه نمونه‌ی ارجحی برای تجسس‌های قارچی است.

جمع‌آوری نمونه با استفاده از سواب باید به مواردی از  غشاء‌های مخاطی محدود شود که در آن نمونه وجود ارگانیسم مخمری مطرح باشد (مثلا ملتحمه، دهان، و یا واژن) و یا نمونه‌هایی که از سر (scalp) و یا گوش جمع‌آوری می‌شود. هنگامی‌که از سواب استفاده می‌شود انتخاب سواب‌های پرزدار توصیه می‌شود و بجز برای نمونه‌برداری از ضایعات سر در سایر موارد بهتر است سواب‌ها مرطوب نگاه‌داشته شوند. نشان داده شده است که مواد موجود در نمونه از سواب‌های پرزدار آسانتر رها می‌شوند و سواب‌های تهیه شده بصورت تجاری که حاوی محیط کشت مایع ترانسپورت هستند نسبت به محیط‌های ترانسپورت ژل‌دار ارجح می‌باشند.

قارچ‌هایی که از نواحی استریل بدن بدست می‌آیند نوعا مهم و قابل توجه هستند اما ممکن است در طول مراحل جمع‌آوری نمونه و یا آماده‌سازی آن برای انجام آزمایش و یا در طول انکوباسیون آلودگی اتفاق افتد. آلودگی باکتریال از نواحی پوستی می‌تواند جداسازی قارچ‌ها را به تاخیر اندازد.

هنگامی‌که عفونت‌های قارچی در نواحی سطحی مطرح می‌شود تهیه‌ی بیوپسی بعد از دبریدمان مناسب ترجیح داده می‌شود. اگرچه تراشه‌های پوست و مو و ناخن‌هایی که تحت تاثیر عفونت قرار گرفته‌اند برای آزمایش درماتوفیت‌ها مناسب می‌باشند. آزمایش برای قارچ‌ها برای نمونه‌هایی که از نواحی ذکر شده در زیر بدست آمده‌اند نباید انجام شود:

• سر کاتتر فولی یا کاتتر ادراری
• ترشحات بعد از زایمان (Lochia)
• مواد استفراغ شده (Vomitus)
• مواد ترشحی کولستومی

نمونه‌های مدفوع نمونه‌های خوبی برای کشت قارچی نیستند اما نمونه‌ی انتخابی برای آشکار کردن میکروسپوریدیا بوسیله‌ی آزمایش مستقیم می‌باشند.

برای فراهم کردن تمامی اطلاعات بیمار برای فرآیند بیماری و نمونه، تهیه‌ی یک فرم درخواست کامل شده  لازم و ضروری است. اطلاعات مطلوبی که در این فرم باید گنجانیده شود شامل: نام بیمار، شماره‌ی شناسایی منحصر به فرد بیمار، سن، جنس، موقعیت بستری (شماره اتاق-نام پزشک-اطلاعات تماس)، محل آناتومیک نمونه‌برداری شده، تاریخ و زمان (ساعت) جمع‌آوری نمونه می‌باشند. اگر امکان داشته باشد بسیار پسندیده و معقول است که اطلاعات دیگری شامل تشخیص کلینیکال، تاریخچه و سابقه‌ی پزشکی، موقعیت‌های زمینه‌ای، و هر نوع رژیم داروئی ضد قارچی یا سایر درمان‌های مربوطه که بیمار طی 2 هفته‌ی گذشته داشته است نیز در فرم گنجانیده شود و به هر حال دانستن نکات فوق در فرآیند تشخیص و تفسیر یافته‌ها کمک قابل توجهی می‌نماید.

آگاهی بر تاریخچه و سابقه‌ی بیمار مثل مسافرت اخیر، فعالیت‌های شغلی، سرگرمی‌ها، یا تماس با حیوانات می‌توانند بینهایت کمک کنند باشند. درخواست‌های اختصاصی توسط پزشک که دربرگیرنده‌ی هر پاتوژن قارچی مشکوک است یا تست حساسیت ضد قارچی باید همراه نمونه به آزمایشگاه قارچ شناسی انتقال داده شود (conveyed). یک برچسب باید به نمونه الصاق شده باشد که حداقل 2 مشخصه‌ی مربوط به بیمار یعنی نام و شماره شناسایی در آن درج شده باشد. اطلاعات دیگر مثل سن، جنس، نام پزشک، تاریخ و زمان جمع‌آوری نمونه و محل آناتومیک جمع‌آوری نمونه مفید هستند. آزمایشگاه برای بدست آوردن اطلاعات ضروری ممکن است (بهتر است) با پزشک تماس بگیرد.

روش‌های انتقال و نگهداری نمونه‌های قارچ شناسی به همان اندازه‌ی روش جمع‌آوری نمونه اهمیت دارد. قارچ‌ها باید زنده نگاه‌داشته شوند تا بتوان آن‌ها را در کشت بدست آورد و نباید اجازه داد که نمونه‌ها خشک شوند. مو، پوست و ناخن باید بدون اضافه کردن مواد مرطوب‌کننده بدلیل جلوگیری از تکثیر احتمالی میکروب‌های آلوده کننده به واحد قارچ شناسی تحویل داده شوند. سرما و گرمای اضافی برای زنده ماندن قارچ ها مضر و زیانبار (detrimental) است.

بهترین زمان برای انتقال نمونه به آزمایشگاه قارچ شناسی در طول 2 ساعت بعد از انجام نمونه‌برداری است. انتقال نمونه باید در شرایط دمای اتاق انجام شود. توصیه می‌شود که به هر حال انتقال در کمتر از 24 ساعت انجام گیرد. نمونه‌های جمع‌آوری شده از سیستم اعصاب مرکزی مانند مایع مغزی نخاعی باید حتی الامکان هرچه سریعتر مورد آزمایش قرار گیرند. هرگاه امکان آماده‌سازی فوری جهت اجرای آزمایشات وجود نداشته باشد نمونه باید در دمای معمولی آزمایشگاه (ambient) قرار داده شود. نمونه‌هایی که بطور مناسب جمع‌آوری شده‌اند و برچسب خورده و انتقال داده شده‌اند به مجرد رسیدن به آزمایشگاه باید مورد بررسی قرار گیرند.

7-1- معیارهای رد نمونه

صحت نتایج کشت مستقیما به وضعیت و شرایط نمونه‌ها بستگی دارد. نمونه‌های غیرقابل پذیرش نباید مورد بررسی قرار گیرند و در عوض، بلافاصله باید پزشک را مطلع ساخت و نمونه را باید در شرایط مطلوب نگاه‌داشت تا شرایط و موقعیت نامناسب برطرف شوند. امکان نتایج اشتباه (misleading) از کشت یک نمونه‌ی نامناسب باید به پزشک انتقال داده شود. نگهداری مدارک و سوابق رد نمونه (داکومنته کردن آن) مورد نیاز است.

در صورت وجود هریک از معیارهای زیر نمونه‌ها باید مورد پذیرش قرار نگرفته و رد شوند:

1. اگر نمونه برچسب (label) نداشته باشد
   • در صورتی‌که نمونه جبران‌ناپذیر یا بازنیافتنی (irretrievable) باشد مانند نمونه‌ی مغز استخوان، سیاست موسسه برای تطبیق با آن را پیگیری کنید
2. اگر ظرف نامناسب یا محیط انتقال نامناسب استفاده شده باشد
3. اگر مغایرت اسمی یا هرگونه مغایرت دیگر بین برچسب نمونه و فرم درخواست وجود داشته باشد
4. در صورتی‌که اطلاعات مندرج در فرم درخواست ناقص باشد
5. اگر زمان انتقال بیش از 72 ساعت باشد
6. در صورتی‌که نمونه به‌طور نامناسب تهیه شده باشد (بعنوان مثال نمونه ادرار گرفته شده از کیسه ی کاتتر فولی)
7. اگر ظرف حاوی نمونه دارای نشتی باشد
8. اگر نمونه‌های همانند یا دوبله (duplicate) برای یک درخواست در یک روز گرفته شده باشند (نمونه‌های دوبل آمیخته شده از یک محل را اگر مناسب است در نظر بگیرید)
9. نمونه از یک محل نامناسب جمع‌آوری شده باشد
10. هنگامی‌که مقدار یا کمیت نمونه برای تمام درخواست‌ها کافی نباشد آزمایشگاه با پزشک معالج تماس گرفته و اولیت‌بندی کردن تست‌ها (prioritization of testing) را درخواست کند.

7-2- انواع نمونه‌ها

7-2-1- خون و مغز استخوان

7-2-1-1-خون: آماده‌سازی محل جمع‌آوری خون به منظور جلوگیری از آلودگی و مقدار  و حجم خون جمع‌آوری شده از فاکتورهای مهم در تهیه‌ی این نمونه برای کشت هستند.

محیط‌های کشت اختصاصی قارچی یا روش لوله‌های لیز-سانتریفیوژ توصیه می‌شوند.

دستورات شرکت سازنده‌ی محیط کشت همیشه باید مد نظر قرار گیرد. هیچگاه نمونه‌های کشت خون را بعد از جمع‌آوری در یخچال قرار ندهید. برای اطلاعات بیشتر به CLSI-M47 و بخش 4-2-10 مراجعه کنید.

7-2-1-2- مغز استخوان: نمونه‌های مغز استخوان باید به‌طریق آسپتیک آسپیره شود و بداخل لوله‌ی لیز-سانتریفیوژ، یک لوله‌ی هپارین یا در شیشه‌های کشت خون ویژه‌ی قارچ شناسی منتقل گردد.

7-2-2- دستگاه تنفسی

7-2-2-1- مجاری فوقانی تنفسی: نمونه‌های سینوس باید بوسیله‌ی آسپیراسیون اندوسکوپیک و یا بافت سینوس از طریق جراحی جمع‌آوری شود. کشت‌های بینی برای تشخیص عفونت سینوس مناسب نیستند.

7-2-2-1-1- نمونه‌های بینی، نازوفارنکس و رینوسربرال

لزیون‌ها یا زخم‌های مجاری بینی نیاز به نمونه‌برداری از حاشیه‌ی در حال پیشرفت ضایعات دارد. برای نگه‌داشتن بافت به حالت مرطوب بافت را در ظرف استریل حاوی مقدار کمی سالین استریل فاقد مواد محافظ قرار دهید.

اگر به یکی از قارچ‌های موکوراسئوس مشکوک هستید بافت را نباید (با کمک تیشو گریندر) هموژنیزه کنید، بلکه بوسیله‌ی اسکالپل خرد نمائید. این بدان علت است که کپک‌های موکوراسئوس دارای دیواره‌ی عرضی اندکی هستند که بتوانند سیتوپلاسم خود را بصورت کوپه کوپه‌ای نگهداری نمایند و بنابراین اغلب در اثر شکستن هایفی زنده نمی‌مانند.

7-2-2-1-2- نمونه‌های دهانی

لزیون‌ها یا اسکارهای دهانی باید بیوپسی شوند و همانند یک بافت با آن‌ها برخورد شود. در صورت مطرح شدن کاندیدیازیس نمونه‌برداری با کمک یک سواب استریل و یا روش شستشو با سالین مورد استفاده قرار می‌گیرد. سالین برای شستشوی دهان بکار رفته و سپس به داخل یک ظرف استریل برگردانده می‌شود.

7-2-2-2- مجاری تحتانی تنفسی

شستشوی برونشیال که از طریق برونکوسکوپی بدست آمده در یک ظرف استریل ریخته می‌شود.

برای تمیز کردن یا سایش برونش‌ها برس را در یک ظرف محتوی یک میلی‌لیتر سالین استریل بدون مواد محافظ قرار دهید.

5 تا 10 میلی لیتر از مایع لاواژ برونکوآلوئلار در یک ظرف استریل تهیه شود.

بیوپسی ترانس برونشیال ریه باید در یک ظرف محتوی یک میلی‌لیتر سالین استریل بدون مواد محافظ قرار گیرد.

نمونه‌های خلط قابل قبول هستند. بعد از آنکه بیمار دهانش را خوب شستشو داد با یک سرفه‌ی عمیق در ابتدای صبح نمونه‌ی خلط را جمع‌آوری می‌کند. اگر یک نمونه‌ی خلط قابل فراهم نباشد یک نمونه‌ی خلط القاء شده مناسب است.

اگر نمونه برای کشت‌های قارچی و مایکوباکتریال جمع‌آوری شده باشد، کشت قارچی قبل از آلودگی‌زدایی و هضم برای مایکوباکتری‌ها باید انجام شود.

قرار دادن نمونه‌های مجاری تحتانی تنفسی در یخچال می‌تواند در موارد خاصی به جهت کاهش تکثیر باکتری‌های کومنسال مطلوب باشد.

7-2-3- مایعات استریل بدن غیر از خون

7-2-3-1- مایع آسیت یا مایع پاراسنتز از حفره‌ی شکمی مایع آسپیره شده و نمونه‌ای در حد 5 تا 10 میلی لیتر در یک ظرف استریل درب‌دار یا درپیچ‌دار منتقل و به آزمایشگاه ارسال شود.

7-2-3-2- مایع مغزی نخاعی: مقدار 3 تا 5 میلی‌لیتر مایع مغزی نخاعی در لوله‌های درپیچ‌دار استریل جمع‌آوری کنید. بلافاصله تمام مایع را در شرایط دمای اتاق به آزمایشگاه منتقل نمائید. نمونه در یخچال قرار نگیرد. اگر فقط یک لوله دریافت شده باشد باید ابتدا برای آزمایشات میکروب‌شناسی مورد بررسی قرار گیرد. اگر بیش از یک لوله دریافت شود لوله‌های دوم و سوم (هرکدام که کمتر خونی باشد) برای میکروب‌شناسی مورد بررسی قرار می‌گیرند. هر گونه لخته در مایع باید قبل از انجام کشت کاملا خرد شود.

7-2-3-3- مایع پلورال، مایع سینوویال، یا توراسنتز (thoracentesis)

نمونه‌ای از مایع جمع‌آوری شده را در چند لوله‌ی استریل درب‌دار یا درپیچ‌دار قرار دهید.

7-2-4- نمونه‌ی ادرار

• بیش از یک میلی‌لیتر از ادرار اول صبح را در شرایط تمیز در یک ظرف استریل جمع‌آوری کنید. نمونه‌ی ادرار را می‌توان از طریق کاتتر مستقیم یا به‌طریقه‌ی سوپراپوبیک بدست آورد. استفاده از لوله‌های انتقال محتوی اسید بوریک برای موارد مشکوک به عفونت کاندیدائی مناسب است.
• ادرار از کیسه‌ی کاتتر فولی برای کشت مناسب نیست.
• ادرار متعاقب ماساژ پروستات برای نشان دادن میکوزهای اندمیک می‌تواند مورد استفاده قرار گیرد.
• گونه‌های کاندیدا می‌توانند بصورت گذرا مجاری ادراری را کلونیزه یا آلوده نمایند.
• مشاهده‌ی سیستوسکوپیک یا حین عمل جراحی، توپ‌های قارچی، پیلونفریت یا شواهد هیستولوژیکی تهاجم مخاطی برای اثبات پروسه‌ی عفونی لازم است.
• قارچ‌های مهاجم (مانند کریپتوکوکوس نئوفرمنس، کریپتوکوکوس گتی آی، گونه‌های آسپرجیلوس، گونه‌های موکوراسه، هیستوپلاسما کپسولاتوم، گونه‌های بلاستومایسس، کوکسیدیوئیدس ایمیتیس، و کوکسیدیوئیدس پوساداسی آی) بعنوان بخشی از عفونت قارچی سیستمیک یا منتشره می‌توانند روی کلیه‌ها تاثیر بگذارند و بنابراین حضور آن‌ها نشان دهنده‌ی عفونت است.

7-2-5- نمونه‌های درماتولوژیکال

نمونه‌های مورد نظر برای کشت درماتوفیت‌ها نباید در یخچال قرار گیرند. علاوه‌بر این موفقیت کشت درماتوفیت مستقیما با مقدار نمونه‌ی دریافت شده ارتباط دارد.

7-2-5-1- مو

 موهایی که در زیر نور وود فلئورسانس دارند را انتخاب کنید. در غیاب فلئورسانس موهایی را انتخاب کنید که به آسانی کنده می‌شوند، یا شکسته می‌شوند و یا حاوی ندول‌هایی هستند. با کمک فورسپس 10 الی 12 موی مشکوک را بردارید و آن‌ها را در یک ظرف استریل یا یک پاکت تمیز کوچک قرار دهید.

توجه: برخی از اسپری‌های مو ممکن است در زیر نور ماوراء بنفش فلئورسانس نشان دهند.

7-2-5-2- پوست و پوست سر

• برای تمیز کردن پوست یا سطح پوست سر از الکل 70 درجه استفاده کنید. حاشیه‌ی فعال لزیون را با کمک یک اسکالپل بتراشید و مواد سطحی را برداشته و دور بریزید. تراشه‌های زیرین را در یک پاکت کوچک تمیز و یا یک لوله یا ظرف استریل مناسب قرار دهید.
• در صورت تهیه‌ی بیوپسی (punch or share) همانند بافت عمل کنید.
• یک روش جایگزین برای جمع‌آوری نمونه‌های پوست سر استفاده از برس استریل و یا یک مسواک کوچک یا یک سواب مرطوب شده است.
• نمونه‌ی چرک از شانکرها و کریون‌های مشکوک به اسپوروتریکوزیس در صورتی که به روش آسپیراسیون بدست آمده باشد دارای ارجحیت است. قبل از جمع‌آوری نمونه سطح پوست باید با الکل 70 درجه تمیز و ضدعفونی شود. در درجات بعد، استفاده از سواب روش جمع‌آوری قابل قبولی است و 2 یا چند سواب باید تهیه شود و تمام آن‌ها بصورت سفت و محکم بر روی قسمت داخلی حاشیه‌ی در حال پیشرفت ضایعه چرخانده شوند.
• شانکر بصورت یک ندول زخمی شده، زگیلی، یا اریتماتوس با امکان انتشار موضعی لنفاتیکی ظاهر می‌شود. چنین مواردی در جراحت‌های کوچک که توسط مواد گیاهی ایجاد شده‌اند می‌تواند مورد تردید قرار گیرند.

7-2-5-3- ناخن‌ها

ناخن‌های فاقد لاک را با کمک گاز آغشته به الکل 70 درجه تمیز کرده سپس سطح ناخن را تراشیده و دور بریزید. تراشه‌های نواحی عمقی و دبری‌های زیر ناخن را جمع‌آوری کرده و در یک پاکت کوچک تمیز یا لوله یا ظرف استریل قرار دهید.

7-2-6- نمونه‌های متفرقه

7-2-6-1- محتویات معده و شستشوی معده: نمونه‌های محتویات معده و مایعات حاصل از شستشوی معده نمونه‌های غیرقابل قبول برای کشت‌های قارچی هستند.

7-2-6-2- نمونه‌های تناسلی

• ترشحات واژینال برای جستجوی عفونت‌های سرسخت مخمری بوسیله‌ی سواب جمع‌آوری می‌شوند.
• نمونه‌ی بافت از لزیون‌های واژینال برای کشت قارچی جهت تشخیص هیستوپلاسموز و یا پاراکوکسیدیوئیدومایکوز مناسب هستند.
• ترشحات پروستاتیک برای تشخیص بلاستومایسس درماتیتیدیس، گونه‌های کریپتوکوکوس، و سایر قارچ‌ها باید بوسیله‌ی ماساژ پروستات بعد از تخلیه‌ی مثانه جمع‌آوری شده باشد.

7-2-6-3- نمونه‌های چشمی

 مواد چرکی ملتحمه‌ای توسط سواب جمع‌آوری می‌شوند.

قرنیه (با حلقه ای از صلبیه) دهنده باید در 1 تا 5 میلی‌لیتر سالین استریل عاری از مواد محافظ قرار داده شود.

برای تراشه‌های قرنیه یک پلیت آگار فاقد مواد مهارکننده فراهم گردد و یک لام میکروسکپی در اختیار افتالمولوژیست قرار گیرد. از او بخواهید که تراشه‌های قرنیه را بداخل محیط آگاربه شکل X و یا C دو تا سه بار در نواحی مرکزی پلیت تلقیح کند و کمی از نمونه را نیز در مرکز لام قرار داده، پلیت‌های آگار را در دمای اتاق نگهداری و بلافاصله به آزمایشگاه منتقل نماید.

مایع ویتره بوسیله‌ی آسپیراسیون توسط پزشک جمع‌آوری می‌شود.

7-2-6-4- نمونه‌های گوش خارجی

استفاده از سواب برای جمع‌آوری نمونه‌های مربوط به کانال خارجی گوش قابل قبول است.

7-2-6-5- دستگاه‌های پزشکی / پروستتیک

دستگاه را در یک ظرف استریل محتوی 1 تا 5 میلی‌لیتر سالین استریل فاقد مواد محافظ قرار دهید تا مرطوب بماند.

برای لنزهای تماسی، کشت مستقیم لنز انتخاب ارجحی می‌باشد.

7-2-6-6- نمونه‌های بافت

بافت را در یک ظرف استریل با مقدار کمی سالین استریل فاقد مواد محافظ قرار دهید تا آن را مرطوب نگاه دارد.

آسپیره‌های پوسچولار یا بیوپسی‌های پوست باید در یک ظرف استریل و تمیز با مقدار کمی سالین استریل فاقد مواد محافظ قرار گیرند.

7-2-7-6- آبسه‌ها و زخم‌ها

• برای جمع‌آوری مواد آبسه‌ای اکسودای سطحی را با سالین استریل یا اتیل الکل 70 درجه برداشته و آسپیراسیون آسپتیک با استفاده از سوزن و سرنگ از آبسه‌ی تخلیه نشده فراهم کنید. این مسئله شامل بافت از عمقی‌ترین قسمت لزیون به اضافه‌ی حاشیه‌ی در حال پیشرفت نیز می‌شود.
• نمونه‌ی آسپیره شده را در یک لوله‌ی استریل قرار دهید.
• زخم‌ها می‌توانند به همان حالت شبیه آبسه‌ها بوسیله‌ی آسپیراسیون آسپتیک با کمک سرنگ و سوزن جمع‌آوری شوند.
• نمونه‌ی آسپیره شده را در یک لوله‌ی استریل قرار دهید.

7-2-7- نمونه‌های محیطی

 در مواردی آزمایشگاه قارچ‌شناسی ممکن است برای انجام کشت بر روی نمونه‌های محیطی فراخوانده شود. این نوع نمونه‌ها مستقیما با سیستم مراقبت از بیمار ارتباط دارند. بعنوان مثال می‌توان از مایعات آلوده شده (مانند مایع دیالیز) و یا دستگاه‌های پزشکی و بیمارستانی نام برد. از آنجا که دستورالعمل‌های اختصاصی برای چنین نمونه‌هایی عموما فراهم شده نیست و هر موقعیتی، واحد و منحصر به فرد ممکن است باشد، برای اجرای مناسب و تفسیر نتایج آزمایشات، همکاری مشترک و ارتباط نزدیک بین آزمایشگاه، مسئول پیشگیری از عفونت بیمارستان، و کلینیسین ضروری است. آزمایشگاههایی که آمادگی لازم برای انجام چنین درخواست‌هایی را ندارند باید نمونه‌ها را به آزمایشگاه رفرانس با صلاحیت ارجاع دهند.

کشت از نمونه‌های محیطی مربوط به کنترل هوای داخلی، مواد ضد عفونی استاندارد، و نمونه‌های آسیب دیده در اثر نفوذ آب (water intrusion) باید به آزمایشگاه‌ها و افراد حرفه‌ای و با مهارت برای انجام این چنین تست‌های اختصاصی ارجاع شوند. برخی از کشورها و سازمان‌های حرفه‌ای (نظیر انجمن بهداشت صنعتی آمریکایی) در سیستم‌های مراقبت بهداشتی خود دستورالعمل‌هایی برای کشت از نمونه‌های محیطی دارند. برای ارزیابی بر روی چنین نمونه‌هایی ممکن است محیط‌های کشت اختصاصی و تجهیزات خاصی لازم باشند که باید فراهم شده باشند.

7-2-8- نمونه‌های دارویی

در ایالات متحده تضمین کیفیت ترکیبات استریل (دارویی) تحت حاکمیت فصل 797 ترکیبات دارویی فارماکوپه‌ی مواد تهیه شده‌ی استریل ایالات متحده می‌باشد. در کشورهای دیگر وضعیت مشابهی در دسترس است و باید پیگیری شود. از آزمایشگاه قارچ شناسی برای نگهداری (انکوباسیون) و مطالعه‌ی کشت در ارتباط با داروخانه‌ی بیمارستان می‌توان کمک گرفت. ارزیابی کیفیت هوا و سایر نمونه‌ها باید به آزمایشگاه محیطی ارجاع شود.